Nakajima Atsushi sinh ngày 5 tháng 5 năm 1909 ở phường Yotsuya, Tokyo, Nhật Bản, trong một gia đình có cha, ông và ba người chú bác của anh là học giả Nho giáo.[2] Tuổi thơ của Nakajima có nhiều biến động, bao gồm việc cha mẹ của Nakajima ly dị gần như một năm sau khi Nakajima được sinh ra. Nakajima sau đó được gửi đến Tỉnh Saitama, nơi ông bà anh sống, để được chăm sóc. Nhưng không may, ông của Nakajima mất sau khi anh sinh sống ở đó được 1 năm.[3]

Vào tháng 2 năm 1914, Nakajima được chuyển sống đến nhà của cha mình. Cha anh làm giảng viên và thường chuyển công tác sang nhiều nơi khác nhau. Vào năm 1918, anh cùng cha chuyển sang Seoul và sau đó là Mãn Châu[4] vào năm 1920. Do phải chuyển nhà liên tục, Nakajima thời thơ ấu nhiều lúc có cảm giác bị tách ra. Mặc dù vậy, anh được biết đến là một học sinh thông minh liên tục đạt được điểm cao.[3]

Nakajima không có quan hệ gần gũi với cha mình, và mẹ kế của anh hay chửi rủa, lạm dụng anh. Vào năm 1914, mẹ kế anh sinh ra em gái nửa của Nakajima, nhưng không may mẹ kế đã qua đời. Cha anh sau đó cưới người thứ ba vào năm 1924, nhưng người đó cũng lạm dụng anh.[3] Nakajima có sức khỏe yếu trong suốt thời thơ ấu. Anh bị chuẩn đoán bệnh khó thở vào 17 tuổi, và bệnh này kéo dài suốt cuộc đời anh.[4]

Bất chấp nghiên cứu sâu xa của gia đình mình về Trung Quốc và kiến thức của Nakajima về chủ đề này, anh vẫn quyết định vào trường Đại học Tokyo, nơi anh học về văn học Nhật Bản.[5] Khóa luận tốt nghiệp sau này của anh là về chủ nghĩa duy mỹ. Nó mang tên "Nghiển cứu về Duy mỹ phái", và đưa ra các ảnh hưởng của nền văn học Nhật Bản hiện đại về Edgar Allen Poe, Oscar Wilde và Charles Baudelaire. Ngoài ra, nó còn chứa phân tích tác phẩm của Tanizaki Junichiro, Mori Ōgai, Ueda Bin và Nagai Kafu.[3][6] Sau khi tốt nghiệp, Nakajima kết hôn với Taka Hashimoto, và sinh ra 3 đứa con: Takeshi, Masako và Kaku. Tuy nhiên, Masako đã qua đời ba ngày sau khi được sinh ra.